Em janeiro de 1991, o decreto n.º 32849 cria no âmbito da Secretaria do Estado da Saúde a Hemorrede, Rede Estadual de Hematologia e Hemoterapia, e decreta oficialmente através do CRS-3 o Hemonúcleo de São José do Rio Preto.

Com o aumento progressivo de atendimentos e internações no Hospital de Base, juntamente com o crescimento e desenvolvimento da região, foi necessário ampliar as instalações para atender o aumento de demanda.  

Em 1996, a Funfarme adquiriu uma área de 750m2,  onde foram inauguradas as novas instalações do Hemonúcleo, também conhecida como Casa do Doador, conservando a antiga área física como agência transfusional do Hospital de Base.

Para fornecer suporte hemoterápico adequado para uma estrutura regional altamente complexa na área da saúde, houve necessidade de transformação do Hemonúcleo em Hemocentro.

Em 1996, a Secretaria de Estado da Saúde, através da Coordenação da Hemorrede e Ministério da Saúde, asseguram o repasse de recursos para viabilização da construção do Hemocentro.

Inicia-se a construção das instalações da referida unidade, sendo em 2002 inaugurado o Hemocentro de São José do Rio Preto, com área física de 3.215 m2.

Assim, começou a missão de garantir o suprimento adequado e seguro de sangue à população atendida nos serviços de saúde vinculados ao Hemocentro de São José do Rio Preto.

O Hemocentro de São José do Rio Preto foi oficializado em 27 de maio de 1999, através do decreto nº 44.015, constituindo-se numa fundação filantrópica de caráter social sem fins lucrativos. É atualmente um centro de referência em Hematologia e Hemoterapia, vinculado à Fundação Faculdade Regional de Medicina de São José do Rio Preto (Hospital de Base), pois vêm garantindo o suprimento de sangue e promovendo  atividades de assistência, ensino, pesquisa básica e aplicada, treinamento e capacitação de recursos humanos à região noroeste do Estado de São Paulo.